Regionstyrelsen ansvarar även för att genomföra regionfullmäktiges beslut tillsammans med nämnderna för folkhälsa och sjukvård; arbetsmarknad, näringsliv och attraktivitet samt trafik, infrastruktur och miljö.

Regionstyrelsen har 15 ledamöter som utses av regionfullmäktige. Region Jönköpings läns politiska ledning 2019-2022 består av Kristdemokraterna, Socialdemokraterna, Centerpartiet, Bevara Akutsjukhusen, Liberalerna och Miljöpartiet.